Окончание войны в августе 1996 г. было связано с ожиданиями спокойствия и постепенного умиротворения на Северном Кавказе. Именно на это рассчитывали те, кто готовил разного рода договоры и протоколы, подписанные высшим руководством России и лидерами чеченских сепаратистов. Ожидания, как показали дальнейшие события, оказались напрасными.

После вывода федеральных сил с территории Чеченской Республики руководство Чечни в главе с З.Яндарбиевым приступило к реализации жесткого антироссийского курса и подготовке планов дестабилизации ситуации в регионе, нацеленных на полный отрыв Северного Кавказа от России. Постоянными стали похищения людей, убийства участников международных благотворительных миссий и работников российских правоохранительных органов, вооруженные провокации на административной границе Чечни.

Заключение Хасавюртовского мира вновь обострило в Чечне конкуренцию между различными вооруженными группировками, которые закрепили свои зоны ответственности в качестве феодальных уделов. Единство между группировками наблюдалось лишь в общем “синдроме победителей” - тотальном уничтожении всех признаков российского влияния, репрессиях против сторонников оппозиции, русских общин и казачьих организаций. Руководство Республики проводит широкомасштабные мероприятия по выявлению лиц, содействовавших федеральным властям. Особенно сложная межнациональная обстановка складывается в Шелковском и Наурском районах, где боевики всячески преследуют русскоязычное население. Сразу после вывода российских войск безвестно пропали сотни русскоязычных граждан. Их домовладения заняли чеченцы.

Поводом для возобновления внутричеченского конфликта уже в конце 1996 года стал вопрос о модели государства и взаимоотношений. Но Аслану Масхадову удалось оперативно провести выборы и стать в феврале 1997 президентом Чеченской Республики. Признание Кремлем законности проведенных выборов фактически означало, что Чечне предоставлена реальная независимость. Надежды на демонстрацию преимуществ статуса субъекта Российской Федерации не оправдались, поскольку авторитет закрепившихся у власти группировок был основан только на конфронтации с Россией и безусловном обеспечении государственной независимости Чечни. Отложенный вопрос о статусе Чечни в ней самой считался решенным.

В течение 1997 года Чечня была исключена из сферы внимания российских политиков, стремящихся забыть провал военной операции. Именно поэтому практически полностью была проигнорирована информация о стремительной криминализации Чечни, а также об использовании этого неподконтрольного Москве анклава в качестве базы для российских преступных группировок. Чечня стала перевалочной базой для торговцев оружием и наркотиками, местом, где скрываются преступники, объявленные в розыск. Сюда переправлялись краденые автомобили, возобновлялось производство оружия, наркотиков, фальшивых денег и документов. Захват заложников превратился в выгодный промысел.

В условиях обострения противоречий между полевыми командирами, закрепившими за собой различные территории, и Грозным, Масхадов предпринимает попытки добиться компромисса путем включения в состав правительства наиболее признанных лидеров оппозиции. 1 апреля 1997 он официально объявил о назначении первыми вице-премьерами М.Удугова, М.Дошукаева и террориста Ш.Басаева. Неоднократные чистки в чеченском правительстве, завершаются к концу года его роспуском и формированием в новом составе под руководством Басаева.

Влияние Басаева в Чечне подтверждает и серия терактов – взрывы на вокзалах в Армавире-2 и Пятигорске, повлекшие за собой человеческие жертвы, а также нападение чеченских боевиков 22 декабря 1997 происходит на воинскую часть в Буйнакске, которое сопровождается человеческими жертвами и большим материальным ущербом.

Тяжелая и нестабильная политическая и социально-экономическая ситуация в Республике вынуждает ее руководство добиваться скорейшего подписания договора с федеральным центром. При этом предпринимались энергичные меры по оказанию воздействия на позицию России через зарубежные страны. 12 мая 1997 года подписан договор “О мире и принципах взаимоотношений между Российской Федерацией и Чеченской Республикой” и Соглашение об основных экономических отношений между Москвой и Грозным. К этому моменту складывается иллюзия, что Чечня может быть умиротворена фактической независимостью и экономической самостоятельностью за счет доходов от транзита каспийской нефти.

Несмотря на усилия правительства А.Масхадова, направленные на укрепление основ государственности и установление порядка в Чечне, реальной властью на местах по-прежнему обладали полевые командиры, большая часть которых не собиралась разоружаться и подчиняется правительству. Практически в каждом районе республики отряды боевиков сохранили свои структуры - штабы, военные базы, службы безопасности и даже тюрьмы. Они не считали войну законченной и в любой момент готовы были приступить к боевым действиям и совершению террористических актов.

Поскольку разрушенное войной и грабежами хозяйство Чечни практически не давало иных способов самообеспечения, кроме криминальных, официальные власти Грозного оказались бессильными перед волной преступности и не смогли разоружить боевые отряды, поделившие Чечню на зоны влияния. Безоглядная борьба за абсолютную свободу и полную независимость стала причиной абсолютного же беззакония и анархии. Масхадову приходилось лавировать между интересами различных группировок, сохраняя лишь видимость единства Чечни. При этом реального государственного строительства и восстановления экономики Республики Масхадов организовать не смог. Существование Чечни было обеспечено лишь практически открытыми границами с Россией, российской электроэнергией и энергоносителями, российским рынком.

Целенаправленные акции чеченских властей против нечеченского населения, нежелание вести серьезную борьбу с бандитизмом и терроризмом, похищениями людей и работорговлей, использование рабского труда заложников и военнопленных на тяжелых работах по строительству военных объектов в горных районах Чечни, говорило о полном циничном пренебрежении к правам человека.

Фактическая изоляция Масхадова и распространение сферы деятельности криминальных сообществ Чечни на прилежащие российские территории не могли не привести как к внутричеченскому конфликту, так и к обострению отношений Грозного с Москвой. Действительно, разногласия Масхадова с “непримиримыми” привели к уходу Шамиля Басаева с поста премьера Чечни и к методичной критике Масхадова со стороны Салмана Радуева. В Урус-Мартане и близ Гудермеса происходят атиправительственные выступления ваххабитов. Масхадову приходится концентрировать свои вооруженные силы в Грозном.

20 июня 1998 года Радуев выступил по местному телевидению с призывом чеченцев к активным действиям против руководства республики. На следующий день в центре Грозного состоялся многочисленный митинг. Радуев отдал приказ о захвате телевидения и мэрии Грозного. Но отряды Масхадова рассеяли митинг. В перестрелке были убиты несколько сторонников Радуева и Басаева. 24 июня Масхадов ввел в Чечне чрезвычайное положение.

13 июля произошло столкновение между боевиками Исламского полка спецназначения (А.Бараев) и боевиками Гудермесского батальона Национальной гвардии Чечни. В последующие два дня в перестрелках было убито около 50 человек. После этого Арби Бараев был из генералов разжалован в рядовые и обвинен в похищении людей, в том числе в похищении и убийстве трех англичан и новозеландца. Однако Бараев сохранил хорошо вооруженную группировку и свою зону влияние, неподвластную Грозному. 23 июля 1998 года произошло покушение на Масхадова.

25 июля 1998 года по инициативе муфтията Чечни в Грозном прошел съезд мусульман Кавказа. На нем присутствовали делегаты из Дагестана и Ингушетии. В резолюции съезда говорилось о необходимости запрета ваххабизма в регионе.

Вместе с тем, новая оппозиция тем временем консолидировалась. Антимасхадовскую группировку составили Шамиль Басаев, Салман Радуев, руководитель Антитеррористического центра Чечни Хункар Исрапилов, Арби Бараев, Рамзан Ахмадов и другие.

29 сентября в Грозном на съезде Движения сопротивления (съезд проходил на грозненском стадионе, в нем участвовали около пяти тысяч человек) оппозиционные полевые командиры потребовали отставки Масхадова, обвинив его в нарушении законов шариата и Конституции республики. На его место участники съезда прочили Салмана Радуева. В случае невыполнения их требования оппозиционеры пригрозили организацией акций гражданского неповиновения. Масхадов же заявил, что “таких, как Радуев, надо расстреливать” и устроил демонстрацию военной силы вблизи места проведения съезда оппозиции.

Пытаясь перехватить инициативу у радикальной оппозиции, Масхадов проводит в декабре 1998 года Верховный шариатский суд Чеченской Республики, который рассматривает обвинения со стороны “непримиримых” и не находит достаточных оснований для отстранения Масхадова от должности.

9 января 1999 года Масхадов выступил за создание в Чечне исламского государства и объявил об учреждении Исламского совета из ученых алимов и богословов, который должен был заменить так называемую "шуру", идею которой выдвинул один в декабре 1998 года из лидеров оппозиции вице-президент Ваха Арсанов. Но это не ослабило противостояния с оппозицией. Район Урус-Мартана стал базой оппозиции, живущей по своим законам. Именно здесь иорданский террорист Хаттаб открыл свою диверсионную школу.

26 января в селе Старые Атаги состоялось экстренное совещание оппозиции. В совещании участвовали экс-президент Зелимхан Яндарбиев, вице-президент Ваха Арсанов, “генералы” Шамиль Басаев, Хункарпаша Исрапилов, Руслан Гелаев, экс-министра иностранных дел Мовлади Удугова и бывшие активные сторонники президента вице-премьеры Ахмед Закаев и Казбек Махашев, а также большая группа влиятельных полевых командиров, включая руководство расположенного в городе Урус-Мартан подразделения “Джамаат” (Арби Бараев).

3 февраля 1999 года Аслан Масхадов издал указ о введении в республике шариатского правления “в полном объеме”. Он поручил парламенту и муфтияту в течение месяца разработать проект шариатской конституции.

7 февраля - Масхадов формирует “шуру” и называет ее Госсоветом. В него включены ведущие лидеры оппозиции, которые, однако, не поддержали инициативы Масхадова. Ваха Арсанов заявляет, что не намерен “быть соучастником этого фарса”, а Масхадов должен сложить свои полномочия перед “шурой”.

24 февраля оппозиция избрала амиром “шуры” Шамиля Басаева, который сразу же обвинил Масхадова в “репрессиях против участников войны и сторонников независимости Чечни”, а также в том, что “вместо объединения нации президент разделил народ по религиозному принципу”.

Сформированный таким образом альтернативный центр власти в марте 1998 предпринял усилия, чтобы блокировать возможную поддержку “умеренного” режима Масхадова со стороны России. С этой целью в аэропорту Грозного был предпринят захват представителя МВД России генерала Шпигуна, чья безопасность была гарантирована чеченской стороной. Ответом России были предельно резкие высказывания руководителя МВД С.Степашина, означавшие почти немедленное введение экономической и военной блокады Чечни. Эти высказывания были смягченны лишь через несколько дней.

16 марта на общенациональном сходе в Грозном, Масхадов объявил о начале борьбы с преступностью и о масштабных кадровых перестановках в силовых ведомствах. Он также обвинил Саудовскую Аравию в финансировании оппозиционных сил и бандитских групп, действующих в Чечне. Масхадов предложил в каждом селе создать мобильные группы для противодействия незаконной деятельности как ваххабитов, так и филиалов оппозиционной “шуры”.

Продолжение обострения ситуации на административных границах с Чечней и обстрелы российских блок-постов привели к тому, что уже 28 мая 1999 года российские боевые вертолеты нанесли ракетный удар по территории Чечни - по позициям боевиков Хаттаба на реке Терек. Акция была проведена после того, как боевики попытались захватить заставу внутренних войск на дагестано-чеченской границе.

Летом 1999 противостояние между сторонниками Масхадова и радикальной оппозицией обостряется до предела.

4 июня чеченское телевидение беспрерывно передавало на русском и чеченском языках обращение Масхадова к народу и бойцам сопротивления: “Встаньте рядом со мной. Поддержите меня, как вы это сделали во время войны и на президентских выборах. Помогите мне избавить Чечню от принявшего массовый характер позорного явления, связанного с похищением людей”. Масхадов объявил, что республика “находится на грани междоусобной и межтейповой войны”.

12 июня, на следующий день после встречи Сергея Степашина и Аслана Масхадова, посвященной борьбе с оргпреступностью в Чечне, в Грозном 200 боевиков оппозиции пытались взять штурмом здание Службы национальной безопасности Чечни с целью освобождения лиц, арестованных за бандитизм и захваты заложников. В перестрелке, длившейся почти три часа, шесть сотрудников спецслужбы получили ранения, среди нападавших – более десяти убитых.

В июле 1999 Совет Федерации РФ поручает министру внутренних дел Владимиру Рушайло принять эффективные меры по обеспечению безопасности на территориях, прилегающих к Чечне, и разоружению чеченских бандформирований, после чего по скоплению боевиков численностью 150-200 человек в районе Кизляра был нанесен предупредительный удар с помощью вертолетов, артиллерии и минометов (3-5 июля).

Жесткая позиция Москвы и резкое ослабление Масхадова привели к тому, что официальный Грозный и полевые командиры предприняли попытку консолидации. 12 июля в Грозном прошло предварительное заседание СНБ с участием Масхадова, Басаева, Удугова, Гелаева и других полевых командиров. Решено, что СНБ будет высшим органом государственной власти Чечни и будет возглавляться самим Масхадовым. Фактически с этого момента режим Грозного воссоединился с радикальной оппозицией и принял на себя ее стратегические установки.

В конце июля 1999 чеченские лидеры сделали ряд заявлений в адрес России, предполагая приговорить шариатским судом к расстрелу двести российских политиков, а также наносить превентивные удары по российской территории. В начале августа угрозы применения военной силы были реализованы вторжением в Дагестан, после чего власти России уже не считали себя обязанными добиваться мирного урегулирования и вести переговоры с лицами, причастными к вооруженной агрессии и организации террористических актов.

Таким образом, предоставленная самой себе Чечня не смогла найти внутренних ресурсов для преодоления бандитизма. Режим Масхадова, пытавшийся бороться с преступностью, в конце концов пошел на поводу у лидеров бандформирований и стал лишь игрушкой в их руках. В ответ на вылазки бандформирований, непрекращающиеся похищения людей и широкомасштабную агрессию против Дагестана Россия вынуждена была сначала ужесточить меры безопасности на границе с Чечней, а потом применить военную силу для пресечения агрессии и уничтожения преступного режима.